Esta é uma pergunta um tanto quanto complicada. Isto porque, os três nomes estão ligados ao mesmo setor, isto é, à panificação.

No entanto, existem sim algumas diferenças entre elas. Panificação e Confeitaria podem não ser a mesma coisa, mas tratam do mesmo nicho: alimentação. Até mesmo alguns equipamentos de panificadora são utilizados em uma confeitaria.

Segundos os dicionários Michaelis e Priberam da Língua Portuguesa:
Padaria é o lugar onde se fabrica ou vende pão, é o estabelecimento responsável.
Panificadora pode ser tanto uma máquina de fazer pãees como um sinônimo para Padaria.
Confeitaria diz respeito à área dos doces e confeitos, excluindo os pães, mas podem ser utilizados os mesmos equipamentos de panificação como:cilindro, batedeira, fornos, etc.

Ou seja, uma confeitaria é onde são produzidos os doces. Muitas vezes temos pães doces com confeitos também, o que, mais uma vez mescla as duas coisas. Deu para entender a diferença entre padaria, panificadora e confeitaria?

Por outro lado, padaria e panificadora, ou até mesmo”padoca” como são carinhosamente chamadas em alguns estados brasileiros, são diferentes mais na semântica do que na produção real. Geralmente, o mesmo comércio, ou seja, o mesmo estabelecimento é, ao mesmo tempo, padaria e confeitaria, já que os equipamentos e produtos utilizados na produção são basicamente os mesmos.